Кубарева Елена Александровна
главный научный сотрудник

Избранные статьи

1. Трефилов В.С., Линдин Е.Ю., Монахова М.В., Кисиль О.В., Вирясов М.Б., Орецкая Т.С., Кубарева Е.А. (2025) Инструментальные подходы к обнаружению и количественному определению сурфактина. Биоорганическая химия,


2. Savitskaya V.Yu, Novoselov K.A., Dolinnaya N.G., Monakhova M.V., Snyga V.G., Diatlova E.A., Peskovatskova E.S., Golyshev V.M., Kitaeva M.I., Eroshenko D.A., Zvereva M.I., Zharkov D.O., Kubareva E.A. (2025) Position-dependent effects of AP sites within an hTERT promoter G-quadruplex scaffold on quadruplex stability and repair activity of the APE1 enzyme. International Journal of Molecular Sciences, >>


3. Bai Petr A., Solovjev Anton M., Kubareva Elena A., Kurzeev Sergey A., Sakharov Ivan Yu (2025) Chemiluminescent heterogeneous and homogeneous-heterogeneous assays for determination of nicking endonuclease activity. Analytical Biochemistry, >>


4. Trefilov V.S., Lindin E.Yu, Monakhova M.V., Kisil O.V., Viryasov M.B., Oretskaya T.S., Kubareva E.A. (2025) Instrumental Approaches to the Detection and Quantification of Surfactin. Russian Journal of Bioorganic Chemistry, >>


5. Petushkov I., Elkina D., Burenina O., Kubareva E., Kulbachinskiy A. (2024) Key interactions of RNA polymerase with 6S RNA and secondary channel factors during pRNA synthesis. Biochimica et Biophysica Acta - Gene Regulatory Mechanisms, >>


6. Линдин Е.Ю., Трефилов В.С., Буренина О.Ю., Зверева М.Э., Кубарева Е.А. (2024) Малая некодирующая 6S РНК в регуляции биосинтеза сурфактина клетками Bacillus subtilis. Биотехнология, >>


7. Trefilov V.S., Labanov V.A., Khrenova M.G., Panova T.V., Rodin V.A., Savitskaya V.Y., Kubareva E.A., Zvereva M.I. (2024) Genomic characterization of Bacillus subtilis PY79 and NCIB 3610 as potential producers of surfactin. Applied Biochemistry and Microbiology, >>


8. Sergeev A.V., Loiko A.G., Genatullina A.I., Petrov A.S., Kubareva E.A., Dolinnaya N.G., Gromova E.S. (2024) Crosstalk between G-quadruplexes and Dnmt3a-mediated methylation of c-MYC oncogene promoter. International Journal of Molecular Sciences, >>


9. Panova V.V., Dolinnaya N.G., Novoselov K.A., Savitskaya V.Y., Chernykh I.S., Kubareva E.A., Alexeevski A.V., Zvereva M.I. (2023) Conserved G-quadruplex-forming sequences in mammalian TERT promoters and their effect on mutation frequency. Life, >>


10. Savitskaya V.Y., Strekalovskikh V.V., Snyga V.G., Monakhova M.V., Arutyunyan A.M., Dolinnaya N.G., Kubareva E.A. (2023) pilE G-QuadruplexIs recognized and preferentially bound but not processed by the MutL endonuclease from Neisseria gonorrhoeae mismatch repair pathway. International Journal of Molecular Sciences, >>


11. Karpov A.S., Elkina D.A., Oretskaya T.S., Kubareva E.A. (2023) Bacterial аdaptation mechanisms to stress conditions with small non-coding RNAs рarticipation (a review). Russian Journal of Bioorganic Chemistry, >>


12. Карпов А.С., Елкина Д.А., Орецкая Т.С., Кубарева Е.А. (2023) Механизмы адаптации бактерий к стрессовым условиям посредством малых некодирующих РНК. Биоорганическая химия, >>


13. Savitskaya V.Y., Dolinnaya N.G., Strekalovskikh V.V., Peskovatskova E.S., Snyga V.G., Trefilov V.S., Monakhova M.V., Kubareva E.A. (2023) Bioinformatics analysis of global diversity in Meningococcal vaccine antigens over the past 10 Years: vaccine efficacy prognosis. Medical Sciences, >>


14. Трефилов В.С., Лабанов В.А., Хренова М.Г., Панова Т.В., Родин В.А., Савицкая В.Ю., Кубарева Е.А., Зверева М.Э. (2023) Геномная характеристика бактерий Bacillus subtilis PY79 И NCIB 3610 как потенциальных продуцентов сурфактина. Биотехнология, >>


15. Pavlova A.V., Dolinnaya N.G., Zvereva M.I., Kubareva E.A., Monakhova M.V. (2023) New DNA plasmid model for studying DNA mismatch repair response to the G4 structure. International Journal of Molecular Sciences, >>


16. Кисиль О.В., Трефилов В.С., Садыкова В.С., Зверева М.Э., Кубарева Е.А. (2023) Сурфактин: биологическая активность и возможность применения в сельском хозяйстве. Прикладная биохимия и микробиология, >>


17. Kisil O.V., Trefilov V.S., Sadykova V.S., Zvereva M.E., Kubareva E.A. (2023) Surfactin: its biological activity and possibilityof application in agriculture. Applied Biochemistry and Microbiology, >>


18. Monakhova M.V., Kubareva Е.A., Kolesnikov K.K., Anashkin V.A., Kosaretskiy Е.M., Zvereva M.I., Romanova E.A., Friedhoff P., Oretskaya T.S., Zatsepin T.S. (2022) Reactive acrylamide-modified DNA traps for accurate cross-linking with cysteine residues in DNA–protein complexes using mismatch repair protein MutS as a model. Molecules, >>


19. Burenina O.Y., Elkina D.A., Ovcharenko A., Bannikova V.A., Schlüter M.A.C, Oretskaya T.S., Hartmann R.K., Kubareva E.A. (2022) Involvement of E. coli 6S RNA in oxidative stress response. International Journal of Molecular Sciences, >>


20. Savitskaya V.Yu, Monakhova M.V., Iakushkina I.V., Borovikova I.I., Kubareva E.A. (2022) Neisseria gonorrhoeae: DNA repair systems and their role in pathogenesis. Biochemistry (Moscow), >>


21. Савицкая В.Ю., Монахова М.В., Якушкина Ю.В., Боровикова И.И., Кубарева Е.А. (2022) Бактерия Neisseria gonorrhoeae: системы репарации ДНК и их роль в патогенезе. Биохимия, >>


22. Loiko A.G., Sergeev A.V., Genatullina A.I., Monakhova M.V., Kubareva E.A., Dolinnaya N.G., Gromova E.S. (2022) Impact of G-quadruplex structures on methylation of model substrates by DNA methyltransferase Dnmt3a. International Journal of Molecular Sciences, >>


23. Pavlova A.V., Savitskaya V.Yu, Dolinnaya N.G., Monakhova M.V., Litvinova A.V., Kubareva E.A., Zvereva M.I. (2022) G-quadruplex formed by the promoter region of the hTERT gene: structure-driven effects on DNA mismatch repair functions. BIOMEDICINES, >>


24. Панова В.В., Тулаева Е.Р., Новоселов К.А., Кубарева Е.А., Зверева М.Э., Алексеевский А.В. (2021) Биоинформатический анализ соматических мутаций в контексте образования G-квадруплексов в промоторе гена TERT и в других онкогенах. Успехи молекулярной онкологии, >>


25. Павлова А.В., Савицкая В.Ю., Монахова М.В., Зверева М.Э., Кубарева Е.А. (2021) Необычный характер взаимодействия ключевых белков системы репарации «мисматчей» с фрагментом промотора гена TERT, содержащим G-квадруплексы. Успехи молекулярной онкологии, >>


26. Павлова А.В., Писарев Э.К., Монахова М.В., Кубарева Е.А., Зверева М.Э. (2021) Взаимосвязь возникновения драйверных мутаций с наличием G-квадруплексных структур в ДНК при канцерогенезе на примере промоторной области гена TERT. Успехи молекулярной онкологии, >>


27. Abrosimova L.A., Kuznetsov N.A., Astafurova N.A., Samsonova A.R., Karpov A.S., Perevyazova T.A., Oretskaya T.S., Fedorova O.S., Kubareva E.A. (2021) Kinetic аnalysis of the interaction of nicking endonuclease BspD6I with DNA. Biomolecules, >>


28. Pavlova A.V., Kubareva E.A., Monakhova M.V., Zvereva M.I., Dolinnaya N.G. (2021) Impact of G-quadruplexes on the regulation of genome integrity, DNA damage and repair. Biomolecules, >>


29. Monakhova M.V., Milakina M.A., Savitskaya V.Yu, Romanova E.A., Rao D.N., Kubareva E.A. (2021) MutL protein from the Neisseria gonorrhoeae mismatch repair system: interaction with ATP and DNA. Molecular Biology, >>


30. Perry S.A., Kubareva E.A., Monakhova M.V., Trikin R.M., Kosaretskiy E.M., Romanova E.A., Metelev V.G., Friedhoff P., Oretskaya T.S. (2021) DNA with a 2-pyridyldithio group at the C2' atom: a promising tool for the crosslinking of the MutS protein preserving its functional activity. Russian Journal of Bioorganic Chemistry, >>


31. Burenina O.Y., Oretskaya T.S., Kubareva E.A. (2021) Detection of small products of transcription from 6S RNA (pRNA) by “mirror-like” northern blot hybridization. Russian Journal of Bioorganic Chemistry, >>


32. Буренина О.Ю., Орецкая Т.С., Кубарева Е.А. (2021) Детекция малых пРНК – продуктов транскрипции 6S РНК – с помощью нозерн-блот-гибридизации в "зеркальном" варианте. Биоорганическая химия, >>


33. Монахова М.В., Милакина М.А., Савицкая В.Ю., Романова Е.А., Rao D.N., Кубарева Е.А. (2021) Белок MutL из системы репарации мисматчей бактерии Neisseria gonorrhoeae: взаимодействие с ATP и ДНК. Молекулярная биология, >>


34. Перри С.А., Кубарева Е.А., Монахова М.В., Трикин Р.М., Косарецкий Е.М., Романова Е.А., Метелев В.Г., Фридхофф П., Орецкая Т.С. (2021) ДНК с 2-пиридилдитиогруппой при С2'-атоме – перспективные инструменты для фиксации белка MutS с сохранением его функциональной активности. Биоорганическая химия, >>


35. Perevyazova T.A., Yunusova А.К., Artyukh R.I., Viryasov M.B., Kubareva E.A., Zheleznaya L.A. (2018) Restriction endonuclease BspD6II, a new thermophilic isoschizomer of Eco57I. Russian Journal of Bioorganic Chemistry,


36. Monakhova M., Ryazanova A., Hentschel A., Viryasov M., Oretskaya T., Friedhoff P., Kubareva E. (2015) Chromatographic isolation of the functionally active MutS protein covalently linked to deoxyribonucleic acid. Journal of Chromatography A, >>