ЦКП образован на базе отдела электронной микроскопии НИИ ФХБ. Сотрудники отдела обслуживают парк электронных и оптических микроскопов, оборудование для пробоподготовки, а также оказывают техническую и консультационную поддержку исследований с использованием микроскопических методов.